Não sou a pessoa mais entendida, pelo que agradeço que me corrijam eventuais erros ou que acrescentem informação mais conveniente.
Por norma as depressões (zonas de baixa pressão atmosférica) possuem geopotenciais menores (por isso cores mais frias de acordo com essas cartas) e os anticiclones (zonas de alta pressão) possuem geopotenciais maiores.
Não sei ao certo quais são as razões para que ocorra sempre este comportamento, porém sei que a temperatura tem bastante peso, e que por norma quanto mais baixo for o geopotencial, mais baixa é a temperatura o que provoca um estreitamento da espessura de uma dada área da atmosfera, e consequentemente baixa também a altura necessária para obter uma dada pressão. O inverso se passa quando se fala em temperaturas elevadas, aliás esta é uma das razões pela qual no equador os níveis de geopotencial para alcançar por exemplo os 500hPa, são bem mais elevados do que às nossas latitudes.
No entanto já li aqui pelo fórum que por vezes este padrão que acabei de referir acima se altera em casos de depressões térmicas e anticiclones térmicos.
Nessas cartas avalia-se então por um lado a pressão ao nível do mar (de forma a evitar as alterações de pressão, provocadas pelo relevo), mas por outro a altitude da atmosfera para que uma dada pressão seja alcançada (geopotencial), neste caso para uma pressão de 500hPa (corresponde a uma altitude média de 5500m) em que as cores representam (julgo eu) uma altitude em decâmetros(DAM) para a qual corresponde a pressão de 500hPa (geopotencial), em média a altura a que corresponde à pressão atmosférica de 500hpa é 552DAM, depois vai variando conforme a sinóptica e a latitude (ou seja, nem sempre se encontra a pressão de 500 hPa aos 5500m), estes dados são importantes por exemplo para avaliar a severidade de um centro barométrico, ou para as cotas de neve , quanto mais baixo for o geopotencial, mais facilidade terá a cota de descer e de aproximar da superfície a massa de ar gelada.